De Novo测序是指在没有任何已知序列信息或参考数据库的情况下，通过实验数据直接推断出一段生物分子（如DNA、RNA、蛋白质）的原始一级结构的技术。它是研究全新物种、新突变体、未知抗体、天然蛋白等生物样本时的关键方法。在蛋白质组学领域，De Novo测序是利用高分辨率质谱（MS/MS）对酶解后的多肽片段进行碎片离子分析，通过软件算法解析离子峰图谱，从而逐个推断氨基酸序列，再拼接出完整蛋白序列的过程。与传统依赖数据库比对的方法不同，De Novo测序是真正的结构推断技术，能发现数据库中不存在的新蛋白、突变形式或翻译后修饰。

一、De Novo测序与数据库测序有何不同？

二、De Novo测序的应用价值

De Novo测序不再只是前沿实验室的探索性技术，而正在成为抗体药物研发、非模式物种研究、生物信息挖掘和生物制药质量控制中的刚性需求。

1、抗体结构重建与表达模板设计

抗体是当前最重要的治疗性蛋白药物之一，但在实际应用中，科研人员和企业手中常常只有抗体的蛋白样品，却无法获得其原始基因序列或来源细胞。在这种情况下，De Novo测序技术可直接对抗体蛋白进行酶解与质谱分析，还原出重链与轻链的完整氨基酸序列，特别是CDR区域，进而可用于后续cDNA反向设计、表达系统构建及功能验证。这项技术正在帮助科研人员复现老抗体、开发生物类似药、优化亲和力突变设计等，显著提升抗体工程效率。

2、疫苗诱导抗体谱图分析与临床免疫研究

在疫苗开发和免疫评估中，研究者越来越关注疫苗诱导产生的多克隆抗体是否具备高亲和性和中和能力。传统BCR测序无法反映抗体翻译后修饰与真实构象，而De Novo测序可以直接对血清或组织液中的抗体蛋白进行结构解析，捕捉其真实表达形式与修饰状态，实现抗体克隆谱图的重建与功能富集。特别是在肿瘤疫苗、HIV、中和抗体研发等领域，这项技术正成为理解免疫反应的关键工具。

3、非模式生物和未知物种蛋白解析

在植物、微生物、海洋生物、中药活性成分等非模式生物研究中，蛋白质组数据库普遍存在缺失或注释不全的情况。De Novo测序无需参考基因组或已知蛋白序列，适用于新物种、新组织、新状态下的蛋白质表达探索。例如：在研究中药成分中蛋白类活性物质时，De Novo测序可直接从提取物中识别出生物活性蛋白，从而推进天然药物开发。

4、生物药一致性验证与质量控制

在生物药生产过程中，不同批次、不同表达系统（如CHO与HEK293）可能会引入微小的结构差异，甚至改变翻译后修饰模式。De Novo测序能够实现对表达产物的全长结构还原与比对，不仅能识别显著突变，还能标注糖基化、氧化、异构体等微观修饰，有效支持药品一致性评估、仿制药开发及申报材料撰写。

5、癌症新抗原（Neoantigen）发现与个性化免疫治疗

癌细胞中常常会产生独特的突变肽段，即“新抗原”。这些Neoantigen是当前癌症疫苗、T细胞治疗的核心靶标。传统蛋白组分析方式常因序列突变与修饰错过这些低丰度新肽段，而De Novo测序可以识别数据库中从未注释的、仅在病灶表达的新肽段，配合免疫原性预测工具，为个体化治疗提供精准标靶。

6、蛋白修饰图谱构建与结构功能关联研究

许多蛋白的生物学功能受其翻译后修饰调控（如糖基化、乙酰化、磷酸化等）。De Novo测序不仅能还原蛋白本体序列，还能在高分辨质谱数据中同步解析修饰类型、修饰位点和修饰占比。这为探索蛋白功能状态、构象变化、相互作用机制提供了可靠数据支撑，是结构生物学、信号转导研究等方向的重要工具。

百泰派克生物科技的De Novo测序服务

在百泰派克，我们为抗体研究、蛋白药研发、疾病机制研究等提供高精度、高覆盖、高复现性的De Novo测序解决方案。技术特色包括：

* 多酶消化 + 高分辨质谱（Orbitrap Fusion Lumos）

• 自研De Novo拼接算法 + 人工复核机制
• 支持修饰识别、CDR覆盖、序列建模与表达验证
• 适用于抗体、融合蛋白、重组酶、突变蛋白等多种类型

无论您是科研人员还是生物医药从业者，只需提供抗体或蛋白样本，我们可在3~4周内为您还原出可重组、可表达、可用于专利设计的完整结构信息。在信息高度依赖数据库的今天，De Novo测序代表着另一种能力——不依赖他人、从零开始、解读未知。它不是替代数据库方法，而是在面对全新课题、复杂样本、未知抗体时，最可靠、最灵活、最具探索性的策略。百泰派克生物科技将持续以专业的实验平台与计算能力，帮助更多客户走出数据库的“舒适区”，走进蛋白结构的“真实世界”。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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